民国27年（1938年）黄埔军校第一分校因抗战爆发由河南省洛阳市内迁到陕西汉中市南郑圣水寺及汉台区石堰寺内，直至抗战胜利后停办。当年圣水寺为黄埔军校第一分校校本部，下设教务处、总务处、政治处、军事处、军需处、办事处、练习营。校长仍由蒋公兼职，教官百余人。
    一分校迁址到汉中后，国民政府要员先后来此视察工作，校长蒋公于1944年亲自来南郑校本部主持学生毕业典礼，活动完毕后就下榻于圣水寺东院厅房。
    国民政府军事委员会委员长汉中行辕主任李宗仁的办公室及卧房位于圣水寺东院正房，寺内尚保存一块国民政府检察院院长于右任为期翁亲何根山题写的墓碑。